昔々、煙突掃除の少年トムがいました。彼は主人のグリーン氏にひどい仕打ちを受けていました。ある日、主人とハートルト荘で煙突掃除をしていた時、トムは偶然ジョン卿の娘アリー嬢の寝室に入ってしまい、泥棒と間違えられて追いかけられてしまいました。しかし、水の妖精の秘密の加護の下、トムは小川にたどり着き、そこで眠りに落ち、ウォーターベイビーとなりました。

トムは目を覚ますと、水の中を自由に泳げることに気づきました。小川から川、そして海へと泳ぎ、水中の様々な不思議で素敵な生き物たちと触れ合いました。そしてついに他の水の子供たちを見つけ、彼らの故郷である妖精の島、セントブランドンへと旅立ちました。

その島には、水の妖精に引き取られた何千人もの水の子供たちが住んでいました。トムはいたずらっ子で、しょっちゅう小動物をいじめ、イソギンチャクの口に小石を入れて夕食にしていました。醜いけれど心優しい罰の妖精がトムを呼び寄せ、口に小石を詰め込んで罰しました。罰の妖精はトムに、もし良い子にしていれば、妹である美しい善の妖精が彼に気づき、抱きしめ、キスをして、良い子になる方法を教えてくれると言いました。

トムは欲張りで、邪悪な妖精の戸棚から海のキャンディーを盗んだため、体中にトゲが生えて罰せられました。邪悪な妖精は、同じく水の子供に変えられていたアリス嬢をトムに教えに遣わしました。こうして7年が経ちました。妖精はトムに、真の男になるにはアリスから学ぶべきだと言いました。嫌いな場所に行き、嫌いな人を助けるのです。

トムは、嫌いな主人であるグリーン氏を探し出し、助けるために、一人で「天の彼方」への長い旅に出発しました。ミズナギドリとカモメの助けを借りて、彼はシマリングシティに辿り着き、暗い海底を七日七晩泳ぎ続け、決して開かない白い城門をくぐり、優しいクジラが休むピースプールに辿り着きました。そこで、古い動物を新しいものに再生させることができる愛情深い老婆を見つけ、「天の彼方」への道を学びました。

「空の彼方」への旅路で、トムの冒険はますます奇妙なものになっていった。彼は、悪い本が山のように積み重なるウェイストランド、善悪が逆転するローグ島、水面に映る月を捉えようとするフールズシティ、そして朝から晩まで同じ歌しか歌えないかわいそうな大根たちが住むビッグヘッドドール島を訪れた。彼は旅の途中で多くの教訓を学んだ。

ついにトムは、グリム氏が収監されていたチムニー345番地の牢獄に辿り着き、その慈悲の心でグリム氏の魂を救いました。妖精たちの影響、教育、そして導きのもと、トムは数え切れないほどの苦難を乗り越え、ついに内なる悪魔を克服し、真の男となり、愛する妖精の島へと帰還しました。